Zagadnieniem prawnym, które wzbudziło wątpliwości NSA jest to, „czy wniesienie skargi na bezczynność po zakończeniu postępowania i wydaniu ostatecznej decyzji stanowi przeszkodę w merytorycznym rozpoznaniu takiej skargi przez sąd administracyjny w zakresie rozstrzygnięcia na podstawie art. 149 § 1 pkt 3 p.p.s.a.” Jak stwierdził w sąd I instancji w podlegającej rozstrzygnięciu sprawie – WSA w Krakowie w wyroku z dnia 14 listopada 2018 r. (sygn. akt II SAB/Kr 146/18) – zasadniczym celem skargi zarówno na bezczynność organu administracji, jest dyscyplinowanie organu administracji poprzez zwalczanie niepożądanego stanu, polegającego na braku należytej aktywności organu oraz braku stosownej dynamiki podejmowanych czynności. Dlatego w ocenie WSA w Krakowie należy uznać, że wyrok uwzględniający skargę na bezczynność organu administracji nie może zostać wydany, jeżeli w dacie wniesienia takiej skargi w ogóle nie toczy się już to postępowanie administracyjne, w którym strona skarżąca zarzuca organowi administracji stan bezczynności, ponieważ takie rozstrzygnięcie nie będzie zadośćuczyniło celowi regulacji. Pomimo bardzo jednoznacznego stanowiska WSA w Krakowie, należy mieć jednak na uwadze, że niezależnie od istnienia rozstrzygnięcia kończącego postępowanie w sprawie, orzeczenie o dopuszczeniu się przez organ bezczynności lub przewlekłego prowadzenia postępowania nadal może mieć dla strony istotne znaczenie. Stwierdzenie przez sąd administracyjny, że organ dopuścił się bezczynności lub przewlekłości przekłada się na możliwość dochodzenia roszczeń odszkodowawczych, a w tym zakresie istotnym jest ocena, czy organ dopuścił się rażącego naruszenia prawa. Sąd administracyjny może również  nałożyć na organ obowiązek zapłaty kwoty pieniężnej, która będzie stanowiła swoistą „karę” dla organu oraz rekompensatę dla strony, za naruszanie jej praw w postępowaniu. W tym zakresie argument WSA, zgodnie z którym strona powinna zadbać o swoje interesy i złożyć skargę na bezczynność przed zakończeniem przez organ postępowania nie wydaje się przekonujący. Dlatego istotne będzie rozstrzygnięcie przez poszerzony skład NSA, czy wniesienie skargi na bezczynność po zakończeniu postępowania i wydaniu ostatecznej decyzji świadczy o bezprzedmiotowości sprawy oraz w konsekwencji stanowi przeszkodę w merytorycznym rozpoznaniu takiej sprawy przez sąd administracyjny.